Eine Gruppe von Cleaner-Klonen dringt in ein Gebäude ein und versucht so schnell wie möglich auf das Dach zu gelangen. Dort oben werden sie von Helen Cutter empfangen, die mit einer Stoppuhr die Zeit nimmt. Dann bittet sie einen der Cleaner, vom Dach zu springen, was dieser nach einigem Zögern auch tut. Helen weiß nun, dass die Klone ihr so ergeben sind, dass es sie nicht einmal kümmert, ob sie tot oder lebendig sind.
Im ARC inspiziert Lester das Anomalienmodell von Nick Cutter, als Captain Becker hereinkommt. Die drei rätseln immer noch über das Wiederauftauchen des "Cleaners", aber für Nick ist klar, dass Helen es irgendwie geschafft hat, eine Kopie dieses Mannes zu schaffen.
In der Evening-News Redaktion diskutiert die Leiterin mit einem der Reporter, Mick Harper. Er hatte schon einmal eine Anomalie und ein Kolumbianisches Mammut auf einer Autobahn gesehen, allerdings glaubt ihm seine Chefin nicht. Sie gibt ihm eine Woche, um stichhaltige Beweise zu finden. Mick fährt zum Haus von Jenny Lewis, um sie zu interviewen, doch sie gibt keine Auskunft. Er weiß, dass sie die Sache mit den Anomalien geheimhalten wollen, und verspricht, dass er das verhindern wird. Jenny hört nicht auf ihn, sondern fährt einfach los.
Im ARC stellt Connor sein Gerät vor, mit dem er die Anomalien verschließen will - eine 1 Million Pfund teure Apparatur, die die Polarität der Anomalie umkehrt, sodass nichts rein- und nichts rauskann. Plötzlich geht der Anomalienalarm los. Connor überprüft den Detektor und stellt entsetzt fest, dass sich die Anomalie in einem Krankenhaus befindet. Das Team fährt los, Mick Harper bemerkt die Autokolonne und fährt unbemerkt hinterher. Helen bemerkt die Anomalie ebenfalls, dank ihres eigenen Detektors. Sie lässt den toten Klon, der vom Dach gesprungen ist, entsorgen und fährt los.
Das Team kommt im Krankenhaus zur selben Zeit wie eine hochschwangere Frau an, als plötzlich der Strom ausfällt. Nick und Abby finden die Anomalie in einem OP, sie geht durch den Boden. Weil Anomalien aber keinen Stromausfall verursachen, muss etwas hindurchgekommen sein. Da entdeckt Nick ein Loch in der Wand, zernagte Kabel lassen auf ein kleines, mäuseartiges Tier schließen. Die schwangere Frau macht es sich in einem Krankenbett bequem, als sie plötzlich eine seltsame Kreatur mit großen Eckzähnen auf ihrem Nachttisch sieht. Sie schreit und das kleine Tier flieht erschrocken durch ein Loch in der Wand. Die Frau holt Becker und Connor, der Nick informiert. Nick schlägt vor, das Krankenhaus evakuieren zu lassen. Sie ahnen nicht, dass sie von Mick Harper beobachtet werden.
Im ARC klärt Jenny unterdessen Sarah über genau jeden Mick Harper auf. Sie weiß, dass der Reporter einiges gesehen hat, deshalb darf er unter keinen Umständen in die Nähe des ARC kommen. Dann fragt sie Sarah, was sie von Cutter hält. Diese möchte aber wissen, ob da etwas zwischen ihm und Jenny läuft. Jenny erzählt ihr daraufhin die Geschichte von Claudia Brown, die genau dieselbe Person sein soll wie sie und die mit Nick zusammen war (wobei Jenny nicht selbst an diese Geschichte glaubt).
Vor dem ARC parkt Helen mit ihrem Wagen. Ein Klon erzählt ihr, dass erhöhte Alarmbereitschaft im ARC ist und dass es unmöglich sein wird, da ohne Untersuchung reinzukommen. Doch Helen lächelt nur und geht zu einem Lieferwagen. Sie öffnet die Tür und dort steht ein exaktes Duplikat von Nick Cutter.
Im Krankenhaus findet der "echte" Nick Cutter unterdessen Abby, die zwei Tieren beim Spielen zusieht. Cutter identifiziert die beiden als
Diictodon und es ist klar, dass diese Tiere den Stromausfall verursacht haben. Die beiden Tiere entwischen durch ihren in die Wand gegrabenen Tunnel, bevor Nick sie fangen kann. Die hochschwangere Frau liegt unterdessen mit ihrer Decke im Bett, als ein neugieriges Diictodon ihr diese wegzieht. Sie folgt dem
Diictodon, das in den OP-Raum mit Nick, Abby und der Anomalie rennt. Mick entdeckt das Tier, das wieder herausrennt, und sperrt Nick und Abby kurzerhand zusmamen mit der Frau ein, damit sie ihn nicht aufhalten können. Nick ruft Connor an, der sich zusammen mit Captain Becker auf die Suche nach dem Raum macht, während Mick das
Diictodon unterdessen in einem Kinderzimmer in die Ecke drängt. Er macht ein Foto von dem Tier, das vom Blitzlicht erschrocken wieder davonrennt.
Währenddessen gelangt der Nick-Cutter-Klon aufgrund seines Aussehens problemlos ins ARC. Dort wird er von Lester irrtümlich für den echten Cutter gehalten. Der Mann ist sehr wortkarg und zeigt kaum Reaktion, worüber sich Lester wundert. Sarah Page kommt, die den Klon ebenfalls für den echten Cutter hält, und führt ihn zum Anomalienmodell.
Im Krankenhaus sucht Nick erfolglos nach einer Ausrede für die Anomalie, als die Wehen der hochschwangeren Frau einsetzen. Connor und Becker sind immer noch auf der Suche nach dem OP, als über ihnen ein
Diictodon auf der Decke läuft. Connor schiebt einen Wagen vor sich her, in den das Tier hineinfällt, als es durch die Decke bricht. Nick versucht inzwischen die Frau zu beruhigen, indem er erzählt, dass Abby schon bei vielen Geburten geholfen hat - Tiergeburten. Verständlicherweise verfehlt der Beruhigungsversuch sein Ziel.
Im ARC will Sarah dem Nick-Klon das Anomalienmodell erklären, doch der bittet sie, zu schweigen. Jenny kommt herein und wundert sich, dass Nick auf einmal andere Kleidung trägt. Sarah lässt die beiden alleine, doch der Klon will wieder gehen. Jenny fragt den vermeintlichen Cutter, ob er mit ihr was trinken gehen will, doch der schlägt das Angebot kurz und hart ab und geht.
Im Krankenhaus liegt die Frau immer noch in den Wehen, doch gerade als Nick es schafft, sie zu beruhigen, kommt ein
Diictodon aus dem Loch in der Wand. Abby muss schnell losgehen und es einfangen. Als sie es packt, gibt das Tier lautstark einen Warnruf von sich. Abby realisiert, dass sie mit diesem Warnruf vielleicht die anderen
Diictodons anlocken kann und hält das Tier an das Loch, sodass seine Rufe durch den gesamten Tunnel hallen. Connor und Becker hören den Warnruf ebenfalls und folgen ihm. Im OP muss währenddessen Abby wieder der Frau bei der Geburt helfen und Cutter muss das Diictodon an den Tunnel halten. Die
Diictodon-Herde hat unterdessen den Warnruf gehört und kommt aus allen Ecken hervor und folgt dem Geräusch. Während die Frau ihr Baby kriegt, rennt die Herde durch die Anomalie, die zunehmend schwächer wird. Das letzte
Diictodon läuft auf die Anomalie zu, die sich jedoch direkt vor ihm schließt. Abby und Nick haben nun ein Problem: was sollen sie mit dem Tier machen? Die Frau bringt ihr Baby zur Welt, während Nick das
Diictodon einfängt.
Im ARC öffnet der falsche Nick Cutter gerade das Haupttor und lässt Helen mit ihren Klonen hinein. Sie überfällt das ARC und führt Lester, Jenny und Sarah ab. Sie treffen auf Nick, der ihnen nicht hilft, sondern sie mit einer Pistole bedroht. Helen sperrt die drei ein und befiehlt einem Klon, sie zu bewachen. Dabei sagt sie ruhig, dass er nur auf ihre Stimme hören soll. Lester glaubt, dass Cutter ihn und die anderen verraten hat, was Jenny bezweifelt. Sarah überlegt, warum Helen in so einer seltsamen Art und Weise mit den Klonen spricht. Währenddessen schleppen die Klone ein paar Koffer ins ARC.
Im Krankenhaus nimmt die Frau ihr gerade geborenes Kind entgegen. Zwar kein Mädchen, wie erwartet, aber sie lässt sich nicht beirren und nennt den Kleinen Stanley. Connor und Becker brechen die Tür auf, sodass Nick und Abby hinaus und eine Krankenschwester hinein können. Als Abby Connor das
Diictodon zeigt, dass sie gefangen hat, zeigt er ihr das zweite, das er gefangen hat. Da die beiden in dieser Zeit festsitzen, sclägt Connor vor, die Tiere zu ihnen nach Hause zu nehmen, was Abby sofort bejaht.
In der Redaktion präsentiert Mick seiner Chefin voller Stolz das
Diictodon-Foto. Doch sie hält es für eine billige Fälschung. Mick möchte noch eine Chance haben, da sonst vielleicht die Konkurrenz die Anomaliengeschichte zuerst rausfindet. Sie lässt sich dazu überreden, ihm noch einen Versuch zu geben.
Im ARC betrachtet Helen fasziniert das Anomalienmodell, das Nick errichtet hat, und wiegt das Artefakt in ihren Händen. Lester, Jenny und Sarah glauben unterdessen, dass Helen den Nick-Klon, den die drei für den echten Nick halten, über ihre Stimme kontrolliert und man sie nur dazu bringen müsste, ihre Befehle zu ändern. Währenddessen treffen der echte Nick, Abby und Connor im ARC ein, wo sie von Helen und ihren Klonen gefangen genommen werden. Abby und Connor werden zu den anderen gebracht, Nick trifft auf sein Duplikat.
In dem Raum, in dem Sarah, Jenny und Lester eingesperrt sind, schafft es Sarah inzwischen, aus einer alten Tonbandaufnahme von Helen einen Befehl zusammenzusetzen, der die Klone zum Nichtstun auffordert. Abby und Connor werden in den Raum gesperrt und erklären den anderen, dass es jetzt noch einen zweiten Nick Cutter gibt. Sarah möchte, dass Connor die Audiodatei mit dem editierten Befehl über Lautsprecher abspielt, doch von dem Raum aus, in dem sie eingesperrt sind, kann er das nicht machen.
Nick betrachtet unterdessen seinen Klon. Helen erzählt ihm, dass sie ihn mithilfe einer Technologie aus der Zukunft geklont hat und er, da er keinen freien Willen hat, kein richtiger Mensch ist. Zu Nicks Erleichtern hat sie das nicht mit seinem verstorbenen Freund Stephen gemacht. Helen behauptet, sie tue das alles, um die Zerstörung des Lebens auf der Erde zu verhindern. In der Zukunft wird die Welt eine trostlose Einöde sein, die von Monstern wie dem Future Predator beherrscht wird. Helen meint, sie könne dieses Unglück abwenden, doch Nick bezweifelt das, da niemand sich die Evolution nach seinen Wünschen formen kann.
Währenddessen bricht Becker ins ARC ein und schlägt den Cleaner vor der Tür bewusstlos, hinter der Abby, Connor, Sarah, Jenny und Lester eingesperrt sind. Connor nimmt die Audiodatei und geht mit Becker hinaus, um einen Lautsprecher zum Abspielen zu finden.
Währenddessen erzählt Helen, dass Nick durch seine Forschungen Mutanten erschaffen wird, die in der Zukunft aus dem ARC ausbrechen, was dieser jedoch nicht glauben kann. Auf seine Frage, warum Helen ihn dann noch nicht umgebracht hat, holt Helen das gestohlene Artefakt heraus und will von Nick wissen, worum es sich dabei handelt. Nick behauptet, es zu wissen, will es aber nicht verraten. Helen befiehlt daraufhin ihrem Klon, ihn in 10 Sekunden zu erschießen, wenn er es nicht sagt. Während der Klon zählt, versucht Nick an seine inneren Gefühle zu appellieren, doch laut Helen besitzt der Klon keine. Als er abdrücken will, sagt Nick, dass er es Helen doch verraten will.
Währenddessen gelangen Connor und Becker in einen Raum mit Lautsprecher, wo sie jedoch auf einen Cleaner-Klon treffen. In ihrer Zelle werden Lester und Abby ebenfalls von einem Klon niedergeschlagen, der sich dann daran macht, Jenny und Sarah zu erwürgen. Nach einem harten Kampf mit dem Cleaner schafft Connor es endlich, die CD abzuspielen. Die Klone hören den Befehl und stellen ihre Aktivitäten ein.
Helen fordert den Nick-Klon auf, seine Mission zu beenden. Er öffnet einen der Koffer - und eine Bombe kommt zum Vorschein. Nick versucht dem Klon zu erklären, dass er einen eigenen Willen hat und nicht auf Helen hören muss. Helen flieht, während der Klon zögert. Schließlich sagt der Klon, dass Nick sich selbst retten muss. Nick flieht, und der Klon drückt den Zünder. Becker und Connor befreien die anderen und bringen sie hinaus, sie selbst suchen nach Nick. Sie finden ihn und laufen mit ihm hinaus. Doch als Nick feststellt, dass Helen noch drinnen ist, rennt er wieder hinein.
Im brennenden ARC findet er Helen bewusstlos mit dem Artefakt. Er versteckt das Artefakt und weckt dann Helen auf. Als sie ihn nach dem Artefakt fragt, sagt er ihr, dass er nichts darüber weiß. Daraufhin holt Helen eine Pistole heraus und meint, dass die Zukunft immer noch wichtiger ist als Nick. Nick sagt noch, dass er Helens Intelligenz immer überschätzt hat, dann erschießt sie ihn.
Vor dem ARC wundern sich die anderen, wo Nick bleibt, und Connor geht rein, um ihn zu suchen. Er findet Nick schwerverletzt, der ihn bitett, sich neben ihn zu setzen. Nick überträgt Connor die Leitung des Teams und überreicht ihm das Artefakt, dessen Bedeutung Connor unbedingt herausfinden muss. Nick will noch eine Botschaft für Claudia Brown ausrichten, doch es ist zu spät und er stirbt.
Connor bringt seinen Leichnam nach draußen. Lester ruft einen Krankenwagen, und Jenny wollte Nick noch etwas sagen, doch es ist zu spät. Nick Cutter ist tot. Connor betrachtet das Artefakt und verspricht, dass er Nick nicht enttäuschen wird.