Eine Gruppe von Teenagern spielt Basketball in einem Park. Der Junge Lucien Hope schlägt den Ball aus dem Feld auf eine nahe Wiese. Als er den Ball holen will, schwappt das Wasser eines Kanaldeckel in der Nähe über und Lucien wird von etwas ins Wasser gezerrt. Als Cutters Team ankommt, finden sie nur noch seinen Turnschuh. Cutter befiehlt den Kanal schließen zu lassen und ruft dann Connor und Abby an.
Währenddessen trainiert Abby Kampfkünste, während Connor liest und Caroline Frühstück macht. Caroline löscht Cutters Anrufe von Connors Handy, damit er sie nicht empfangen kann. Doch Cutter ruft dann bei Abby an und erzählt ihr, dass er auch bei Connor angerufen hat. Caroline sagt nicht, dass sie die Anrufe gelöscht hat, und Connor und Abby gehen los, lassen Caroline allein mit Rex in der Wohnung zurück. Nick und Stephen erkunden währenddessen die Tunnel des Kanals, als sie plötzlich einen seltsamen Gesang wie von einem Wal hören. Sie gehen zurück an die Oberfläche und treffen auf Connor und Abby.
Das Team sucht in der Nacht den Kanal mit Booten ab, Connor und Abby streiten sich die ganze Zeit, als plötzlich etwas das Boot rammt und Jenny ins Wasser fällt. Eine große Flosse taucht aus dem Wasser auf und schwimmt auf sie zu, Nick zieht Jenny ins Boot, während Stephen die haiartige Kreatur erschießt. Im ARC finden sie heraus, dass es sich um einen Hai mit einer langen, gespaltenen Zunge handelt, ein Hai mit diesem Merkmal kann nur aus der Zukunft stammen. Sie schneiden das Tier auf, finden im Inneren aber nichts außer einem Turnschuh und einem Basketball. Da Haie zum Verdauen ihrer Beute jedoch Tage brauchen, muss Lucien von einer anderen Kreatur getötet worden sein.
Am nächsten Tag finden Abby und Connor Caroline schlafend in der Wohnung vor, während Connor zu ihr geht sucht Abby nach Rex. Sie findet ihn halb erfroren im Kühlschrank, Caroline meint, dass sie nichts damit zu tun habe. Sie geht und Connor will ihr folgen, doch Abby ist wütend und will, dass er hierbleibt um Rex zu helfen.
Am nächsten Tag will Stephen die Suche nach der Kreatur im Kanal fortsetzen, doch Cutter will an einer anderen Stelle suchen. Als Nick dann woanders suchen geht, erkennt er einen Soldaten und verfolgt ihn. Er folgt ihm unter das Deck eines Schiffs, wird dann aber von ihm bewusstlos geschlagen. Später erzählt er Abby und Connor von der Begegnung, Connor und Abby berichten Nick dann, dass sie ihn auch schon als Putzmann im Einkaufszentrum und später im ARC gesehen haben. Cutter vermutet, dass jemand das Team ausspioniert, vielleicht Lester.
Das Team benutzt Aufnahmen vom Gesang der Kreatur, um sie so zu ihnen zu locken. Plötzlich sieht Abby ein seltsames Gesicht im Wasser, sie erschrickt, doch dann ist das Gesicht wieder weg. Sie glaubt, sie hat es sich nur eingebildet, doch dann wird sie plötzlich von einem furchterregenden Meeressäuger, dem Mer, ins Wasser gezogen. Cutter springt hinterher und Connor soll Hilfe holen.
Später brechen Cutter und Stephen die Suche nach Abby ab in dem Glauben, dass sie tot ist. Connor will jedoch weitersuchen, doch Jenny schickt ihn nach Hause. Lester feuert Nick und überträgt die Aufgabe auf Stephen, Nick will gehen, trifft aber auf Jenny. Sie erzählt ihn von einem überfluteten Keller in einem nahegelegenen Gebäude, dort muss sich die Kreatur, die Abby entführt hat, aufhalten. Zurück in Abbys Wohnung fängt Connor an zu weinen, weil er sie nun wahrscheinlich für immer verloren hat.
Was keiner weiß ist, dass Abby und Lucien immer noch leben, sie wurden von den Mer in einen Wassertank mit einem Gitter gesperrt. Sie stoßen gegen das Gitter, doch schaffen es nicht, rauszukommen. Lucien fragt sie, wer sie ist und ob die beiden überleben werden. Abby erzählt ihm, dass ihre Freunde sie bald retten werden.
Cutter ruft Connor an, weil er seine Hilfe braucht. Er entschuldigt sich für das, was passiert ist, und sagt, dass er unbedingt Connors Hilfe braucht. Später sind die beiden dann im Gebäude damit beschäftigt, den Eingang aufzubrechen. Connor erzählt Nick, dass er nur hilft, weil Abby es so gewollt hätte. Als sie eine Wand durchbrechen, zeigt der Detektor an, dass sich die Anomalie wieder geöffnet hat. Gerade als sie in den Raum mit den Wassertanks kommen, wird Abby von einer der Kreaturen unter Wasser gezerrt. Cutter und Connor befreien Lucien aus dem Wassertank und er erzählt ihnen, dass sie Abby verschleppt haben. Connor rennt los um nach ihr zu suchen.
Dann werden Cutter und Lucien von den Mer angegriffen, einer stößt Cutter ins Wasser, als plötzlich eine U-Bootkamera auftaucht. Stephen hat mit der Kamera den Kanal abgesucht und dabei den Weg in das Gebäude gefunden. Der Mer attackiert die Kamera, und als Stephen bemerkt, dass Cutter in Gefahr ist, bewaffnet er sich mit einer Pistole und einem Maschinengewehr und springt ins Wasser. Nick und Lucien werden von weitern Mer eingekreist, doch bevor sie angreifen können, taucht Stephen auf und erschießt die Kreaturen.
Währenddessen hat Connor Abby gefunden, als plötzlich ein gigantischer Mer, die Merkönigin, auftaucht. Sie schlägt Connor ins Wasser und nimmt Abby durch die Anomalie. Connor schwimmt wieder an die Oberfläche und folgt ihnen durch die Anomalie.
Die Welt der Zukunft ist eine Wüste aus Steinen und Sand, der Himmel ist verdunkelt und wird nur von Blitzen erhellt. Connor findet Abby am Fuß einer Klippe, er wirft einen angreifenden Mer mit einem Stein ab und betäubt ihn. Abby versucht hochzuklettern und nimmt Connors Hand. Die anderen mer tauchen jetzt auf, inklusive der großen Merkönigin, die Abby durch die Anomalie gebracht haben. Abby will, dass Connor sie loslässt, da es keinen Sinn habe, wenn beide sterben würden, doch Connor will sie nicht loslassen und sagt ihr, dass er sie liebt. Die Merkönigin kommt näher, und Connor kann Abby nicht mehr lange halten, doch im letzten Moment erscheinen Cutter und Stephen, ziehen die beiden rauf und erschießen die Mer.
Lucien wird zu einem Krankenhaus gebracht und verabschiedet sich von Abby, dabei erwähnt er ihren "festen Feund" Connor. Abby informiert ihn, dass Connor kein fester Freund ist. Lester und Leek kommen an und Lester verlangt von Leek, das Gebiet rund um die Anomalie abzusperren. Er bedankt sich, dass Cutter doch weiter gemacht hat und gesteht, dass Stephen diesmal falsch gelegen hatte. Abby fragt Nick, ob das was sie durch die Anomalie gesehen hatte, die Zukunft der Menschen sein würde, doch Nick meint, dass es die Zukunft der Erde sein würde, Menschen werden längst ausgestorben sein. Doch er meint, dass sich die Menschen vielelicht doch wieder dem Wasser angepasst haben aus dem sie ursprünglich gekommen sind, demzufolge könnten die Mer zukünftige Verwandte der Menschheit sein.
In Abbys Wohnung reden Abby und Connor darüber, dass Connor auf der anderen Seite der Anomalie über seine Gefühle gesprochen hat. Doch dann werden sie von Caroline unterbrochen, die mit Connor ins Theater gehen will. Als sie gehen, merkt Abby, dass sie vielleicht doch irgendwelche Gefühle für Connor empfindet.
Am Ende sieht man Leek in einem Auto über eine Videokamera mit dem misteriösen Mann reden. Er will, dass solche Fehler nicht noch einmal vorkommen, da der Mann Leeks Vorhaben zerstören könnte. In seinem Auto sitzt noch eine andere Person, Helen Cutter, die anscheinend ebenfalls mit Leek zusammenarbeitet. Sie hofft, dass er ihr Vorhaben erfüllen kann, dann verschwindet sie.